Shinji vågner efter 14 år på slagskibet AAA Wunder, der tilhører en anti-NERV-organisation med tidligere NERV-mandskab. Shinji hører Rei i EVA Mark.09, der forsøger at undsætte ham, så han forlader Wunder og opsøger NERV. Kaworu Nagisa viser det forvandlede land til Shinji, som opdager, at redningen af Rei udløste det Nær Tredje Nedslag, der forårsagede den katastrofale skade på Jorden.
